Według większości autorów 10-sekundowa aplikacja ozonu powoduje zniszczenie 99% bakterii, a 20-sekundowa 99,9%. Powstaje w ten sposób tzw. nisza ekologiczna, która nie sprzyja ich ponownej kolonizacji przez okres od 4 do 6 tygodni. Ozon nie jest toksyczny przy stosowaniu 0,05 ppm przez 8 godzin. W czasie ozonoterapii maksymalne stężenie ozonu w jamie ustnej wynosi 0,01 ppm.